Το Σχέδιο Διαχείρισης αποτελεί αφενός ένα έγγραφο στρατηγικού σχεδιασμού για το Υδατικό Διαμέρισμα Νήσων Αιγαίου, που παρέχει τις απαραίτητες πληροφορίες και τις λειτουργικές οδηγίες για την ολοκληρωμένη διαχείριση των υδατικών πόρων και των οικοσυστημάτων και αφετέρου τον κεντρικό μηχανισμό αναφοράς της χώρας προς την Ευρωπαϊκή Επιτροπή, όσον αφορά στους υδατικούς πόρους.
Η εφαρμογή του θέτει τις βάσεις για την στήριξη μιας σταθερής πολιτικής διαχείρισης υδάτων, που θα οδηγήσει στην αποτελεσματική προστασία και στην ορθολογική χρήση των πολύτιμων υδατικών πόρων.
Το Σχέδιο Διαχείρισης συντάχθηκε σε εφαρμογή της οδηγίας 2000/60/ΕΚ και όλων των νομοθετικών διατάξεων, που εκδόθηκαν στα πλαίσια της εναρμόνισης της Εθνικής Νομοθεσίας με τη συγκεκριμένη οδηγία.
